Ubuntu 12.04 LTSでpython3をインストール

Ubuntu 12.04 LTSにpython3をインストールした時のメモ.
ググると, ソースコードからビルドしないといけないというサイトもあったが, apt-getで大丈夫だった:

$sudo apt-get update -y
$sudo apt-get install python3-all-dev -y
$sudo apt-get install python3-setuptools -y

バージョンの確認:

$python --version
Python 2.7.3
$python3 --version
Python 3.2.3

実行する際は, pythonではなくpython3を使う.

参考:
http://ueponx.wordpress.com/2012/10/20/python3をインストールする-12-04/

ただ, その後のpipでかなりつまづいた.
pipでnumpyなどをインストールしようとすると, エラーが出てできない.
ググってみると, 同じような症状の報告を発見:

http://qiita.com/HirofumiYashima/items/a9423331492b3097888b


結局, pipではなくeasy_install3を使ってインストールすることにした:

$sudo easy_install3 numpy
$sudo easy_install3 scoop
$sudo easy_install3 deap
:
:

Torqueからメールが送れない

ジョブの状態に応じて, Torqueからメールを送りたい.
方法は下記のページなどに書いてあったので, 試してみたが, うまく送ることができない.

http://www.ie.u-ryukyu.ac.jp/howto/index.php?Howto/TORQUE

ググって調べてみたところ, mailコマンドが使えず, torque云々以前にそもそもserverからメールを送れるように設定していないことが原因だった.

http://www.clusterresources.com/pipermail/torqueusers/2013-September/016128.html

http://www32.atwiki.jp/parepan/pages/196.htmlを参考に,

#sudo aptitude install mailutils
#sudo apt-get install postfix

として, mailutilsとpostfixを入れたら, 無事Torqueからメールが届くようになった.
postfixの形式はインターネットサイトとした.

TORQUEで新しく投入されたジョブが実行されない

TORQUEにて, 計算ノードは空いているのに, 新たに投入したジョブがなぜか実行されない.

qstat -sでエラーメッセージを確認.
すると, 以下のようなエラーが出た.

Not Running: Draining system to allow starving job to run

エラーメッセージをそのままググる.
すると, /var/spool/torque/sched_priv/sched_configの以下の行を変更したら問題が解決するとのこと.

before:
help_starving_jobs true ALL

after:
help_starving_jobs false ALL

そして, ps -e |grep pbsで動いているpbs_schedを見つけ, killし,
/etc/init.d/torque-scheduler startで再起動.
すると, ジョブが無事実行されるようになった.

たぶんhelp_starving_jobsはキュー内のジョブが一定時間実行されなかった時の処理の設定で, 今回のエラーの原因だったのだろう (?)

参考: http://www.supercluster.org/pipermail/torqueusers/2007-February/005124.html

Google siteのサイドバーの並び順を変更する

デフォルトではGoogle siteのサイドバーはページタイトルのアルファベット順で表示されている.
この並び順を自由に変えたい.

Step 1: 右上の「[その他の操作]メニューを開く」 から「サイトのレイアウトを編集」を選択する.
Step 2: サイドバーにマウスを持って行くと, 「ナビゲーション」というリンクが現れる.
Step 3: 「ナビゲーションを自動的に整理する」のチェックを外す.
Step 4: 「表示するページを選択」というリストが出るので, 好ましい並び順にページを追加する.

Ubuntu12.04にTORQUEをインストール

基本的にhttp://tech.ckme.co.jp/torque.shtmlに従って作業すればOK.
しかし, いくつかエラーが出た.
以下はそれらに対する雑多なメモ.

server側:

/etc/hostsに記述するtorqueのserverのipアドレスlocalhostと同じにしないと,

qmgr obj= svr=default: Unauthorized Request

というエラーが出る.
また, 何かエラーが出た場合, とりあえず再起動か,

sudo /etc/init.d/torque-server restart
sudo /etc/init.d/torque-scheduler restart

でtorqueのデーモン or マシンをリスタートすればだいたい解決すると思う.


計算node側:

server側にて,

pbsnodes -a

としてもstate=downとなり, 認識されていない計算ノードがあった場合,
対象ノードにて,

sudo /etc/init.d/torque-mom stop
sudo /etc/init.d/torque-mom start

とし, リスタートするとサーバ側に認識されるようになる.
参考: http://www.ep.sci.hokudai.ac.jp/~kodama/tebiki/TEBIKI.hikari-torque.htm

また, /etc/torque/server_nameにtorqueのサーバ名を記述するが,
1度書き, 再度開くとなぜかサーバ名がtorqueserverに変わってしまう.
ので, 再度書き直す.

UbuntuでPDFを回転させる

間違えて逆さにスキャナで取り込んでしまったpdfを, 180度回転させたい.

(1) 始めはevinceの編集 => 回転で試したが, 回転した状態での保存ができず, コピーした別ファイルを開くと元の向きに戻ってしまっている...

(2) 次に, なんとなくinkscapeで編集することにした.
inkscapeは,

sudo apt-get install inkscape

でインストールできる.
inkscapeでpdfを開き, 画面のpdfをクリックすると回転矢印が出てくる.
ので, 180度回転させ, 保存.
デフォルトではsvgファイルで保存になっているので, pdfに直す.
無事, 回転状態を保持したままファイルを保存することができた.

(3) 後でわかったのだが, pdfを回転させるRotatePDF.netというウェブアプリがあるらしい.

http://webiitoko.blog42.fc2.com/blog-entry-214.html

pdfを回転させるだけのアプリがあるとは...

(4) 身も蓋もない話だが, もう一度スキャナで取り込み直すのが最善策.

Octave Communications Toolboxのインストール

拾ったmatlabコードをoctaveで実行しようとすると,

error: `randint' undefined near line...

というエラーがでた.
調べてみると, octaveのCommunications Toolboxというものが無かったのが原因だった.
ので, これを入れるとエラーは消えた.

#sudo apt-get install octave-communications